Chùa Bối Khê là một ngôi chùa đặc trưng cho dạng thức "tiền Phật, hậu Thánh".[4][5][19] Chùa thờ Phật ở phía trước. Tuy nhiên các pho tượng được văn bia mô tả trước thời Nguyễn đều không còn, chỉ trừ hai pho tượng Quan âm nghìn mắt nghìn tay và Bà Hậu (thời Mạc) ở vị trí tôn chủ của Thượng điện. Điều này để hiện tính Mật tông và Tịnh độ tông đã lấn lướt tính Thiền tông.[16]

Chùa Bối Khê là một ví dụ điển hình cho sự hòa quyện giữa Phật giáo và Đạo giáo. Chùa thờ Đức Thánh Bối ở phía sau. Đức Thánh Bối là người làng Bối, sinh thời Ngài tu tại chùa Bối Khê. Ngài có công giúp vua Trần đánh giặc ngoại xâm nên được vua Trần phong cho làm Thượng đẳng thần.[20] Chùa Bối Khê có một Thánh điện với nhiều tượng thờ nhất trong số các chùa "tiền Phật hậu Thánh" hiện biết. Điều này thể hiện rõ nét tính chất hòa nhập tôn giáo ở ngôi chùa đồng bằng Bắc Bộ.[16]

Đức Thánh Bối là một nhân vật lịch sử - tôn giáo đã tạo nên mối quan hệ đặc biệt giữa chùa Bối Khê và chùa Trăm Gian đồng thời là sự liên kết giữa hai làng, hai vùng đất (Bối Khê - Tiên Lữ/Tứ Bích) trên phương diện tôn giáo.[10] Hai ngôi chùa đều thờ chung Thánh Nguyễn Bình An. Cũng do thờ chung Thánh nên từ xưa, hai làng đã có tục "kết chạ" (tức là kết nghĩa anh em) duy trì cho tới ngày nay.[21][22]

Truyền thuyết ở cả hai làng kể rằng, vào cuối thời Trần (thế kỷ XIII), ở vùng Bối Khê có bà mẹ trẻ, do dẫm chân vào vết chân người khổng lồ trên đá mà hoài thai sinh ra một cậu con trai. Cậu bé rất khôi ngô, đĩnh ngộ, thuở nhỏ, do nhà nghèo, cậu bé thường nương náu cửa chùa làng và sau đó đi tu. Đó là Nhà sư - đạo sĩ Nguyễn Bình An. Nhà sư đã có công sửa sang lại chùa Bối Khê. Sau đó, Người lại trụ trì chùa Trăm Gian (xã Tiên Phương, Chương Mỹ), cách Bối Khê chừng 20 km. Thánh cho đón thợ khéo về mở rộng cảnh chùa. Trong khi thi công, Ngài thường đi guốc trèo lên các hoành, nóc nhà xem xét, trông coi thợ. Để nuôi thợ, Ngài cho nấu một niêu cơm con rồi bước ba bước về quê Bối Khê xin chú thím tương cà. Khi cơm chín, thợ thay nhau vào bắc niêu cơm nhưng không nổi. Ngài chỉ nhón tay nhấc ra, dỡ được ba nong cơm và một nong cháy, cùng tương cà bày cả trăm mâm cỗ, thợ ăn mãi không hết. Ngày nay, ở Quán Thánh, Lương Xá (xã Lam Điền, Chương Mỹ), Ó Vực (xã Thượng Vực, Chương Mỹ) vẫn còn dấu vết chân Ngài, đều được xây bệ và trồng cây cọ đánh dấu, riêng ở Quán Thánh có thêm tảng đá nhô lên là một điểm gắn với hội chùa Trăm Gian.[21]